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中国热科院椰子所发布槟榔全基因组图谱
作者:黄丽云 来源:椰子研究所 发表时间:2021-07-27 点击:
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近日,中国热科院椰子所联合华大基因完成了槟榔Areca catechu L.)基因组测序拼接及序列分析工作,全球首次完成及公布海南槟榔全基因组测序。研究成果以Chromosome-scale genome assembly of areca palm (Areca catechu)为题在线发表于中科院JCR一区期刊Molecular Ecology Resources》(IF=7.090)。

 

在这项研究中,通过IlluminaPacBio数据与Hi-C映射技术相结合,完成了热研1号槟榔染色体水平的参考基因组组装,槟榔基因组大小为2.51Gbscaffold N501.7Mb,通过Hi-C辅助组装技术进一步组装成16个染色体的基因组,N50172Mb

研究分析发现,槟榔基因组包含31,571个蛋白质编码基因,92.92%的基因获得功能注释,参与槟榔碱、黄酮类、花青素、单萜类及其衍生物生物合成的基因家族呈现不同程度的富集和扩张。槟榔全基因组的发布开启了槟榔后基因组时代,槟榔“热研1号”参考基因组将为槟榔个体的重测序、功能基因的挖掘(抗病、优质、特异)和重要品质(软纤维、高槟榔碱等)形成机理研究、全基因组关联分析等提供重要参考体系,为槟榔分子生物学研究加快育种步伐奠定了里程碑的基础。

工作得到了中央级公益性科研院所基本科研业务费物种保护项目的支持。中国热科院椰子所杨耀东研究员、黄丽云副研究员,华大基因许春艳为共同第一作者,椰子所覃伟权研究员为通讯作者。


文章链接

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13446